关于PPI（蛋白蛋白相互作用）网络构建的方法

传统意义上，因为PPI网络十分大，因此，大致看一下结果就行，但是这种分析，算是10多年前的套路了。

最近有一篇COVID-19的文章，文中有这样的图。

figure from Nature

作者也是通过MS，多次重复，选取高质量的interaction，之后，在补充数据库数据。

这里的构建方法是，先构建网络，再做注释。即，不要先注释，而是根据网络的结果，选取存在物理相互作用的类，拿这类去做注释，看看是什么。

注释：http://amigo.geneontology.org/amigo 在这里就可以，统计矫正可以选用轻微一些的FDR。对q-value进行排序选取最显著的就可以了。

另外，这里如何画上黄色的外圈呢？ 在AI里面找了好久，没找到..... 后来发现文章中的结果，在adobe acrobat中可以选中文字，但是图片的点不能选中！！

那就说明这些点和线是在PS中被修改过。

接下来，打开PS，用魔棒选中点与线，然后切换到选框工具后，右键，描边，选择外围描边，确定颜色和像素大小就可以了。